Hay noticias de este pueblo desde el siglo XI, al hablar de un templo dedicado a Santa Eufemia que seguramente fue el origen de la parroquia actual. En el año 1088, Toda Fortuniones donaba un monasterio de Cripán, un molino de Ocón y un majuelo en Santa Eufemia de Villafría al Monasterio de San Millán.

La iglesia actual de Santa Eufemia fue restaurada en 1807, como reza una inscripción que hay en el coro. En su interior, un interesante púlpito con la base decorada con una cabeza de ángel y el pie con dos cabezas humanas.