El Valle de Cuartango fue durante la Edad Media la posesión de la Casa de Ayala. Cuando su señor, el Conde de Salvatierra fue derrotado en la Guerra de las Comunidades, el Valle pasó a ser realengo y se creó la Hermandad de Cuartango, integrado en 1463 en la Hermandad de Álava. En el siglo XIX, esta Hermandad se convirtió en municipio.

Zuazo aparece en documentos a partir de 1257, en la visita del obispo Jerónimo Aznar. Su importancia creció con la llegada del ferrocarril en 1863 y la construcción del balneario, donde los Hermanos Salesianos edificaron un Seminario a mediados del siglo XX.

Su iglesia de San Pedro tiene una portada y un par de ventanales que son unos ejemplares típicos en el románico cuartangués del siglo XIII. En el suelo, aparecen varias losas sepulcrales decoradas. Destaca la pila bautismal, un interesante ejemplar del siglo XIII.