El documento más antiguo conocido que nos habla de este pueblo es una donación que María López de Estívariz hizo en el año 1138 al Monasterio de Nájera, junto con Estíbaliz. Fue la primera villa fundada en la provincia.

Su fundador fue el noble López González que, siguiendo la política de creación de villas del rey castellano Alfonso VI, decidió crearla desde la casa-torre que tenía en Estíbaliz, lugar desde el que gobernaba gran parte del territorio alavés.

La joya del templo de San Andrés está en su portada, la mejor joya renacentista del arte alavés, donde destacan sus dos columnas y los relieves de personajes a los lados de la parte superior. En el interior, sorprenden las pintadas claves representando a los doce apóstoles junto a otras de la Asunción y Coronación de la Virgen.

Siempre ha existido una estrecha relación entre Villafranca y Estíbaliz. El entorno del Santuario ha tenido varias funciones: fortaleza, hospital, monasterio e incluso, almacén agrario. Desde 1941, la Virgen es patrona de Álava. Allí tenían lugar los desagravios para que los alaveses dirimieran allí sus diferencias, el día 1 de mayo.