Su primera mención aparece en el año 1257 con el nombre de Portiella. Su emblemático castillo fue un centro territorial del reino de Navarra que se originó en el siglo XI, construido por el rey navarro Sancho III el Mayor.

Tras diversos cambios de manos y dueños finalmente, quedó como un señorío compartido entre los linajes de los Velasco, Condestables de Castilla, los Zamudio de Berantevilla y Prudencio de Gauna, de Vitoria. Acabó independizándose en el año 1842.

Otras dos casonas completan las edificaciones nobles de Portilla. Una es la gran Casa de los Gaona, con arco de medio punto, cornisa moldurada y escudo armero. La otra, perteneció a los Zamudio y hoy es un almacén agrícola. Conserva el alero de madera, un ventanal y el escudo. En el año 2016, se inició un proceso de reconstrucción del entorno del castillo. Parece ser que se trata del castillo que aparece en el escudo de Álava.