Tarifako kanpainara ekarpen handiena egin zuten Zigoitiako hiru herrietako bat. Antso IV.a Gaztelako erregeak musulmanen aurrerapenaren aurka egindako operazio militarra izan zen, 1292an.

Mende batzuk geroago, Natibitateko eliza pobrea zen baliabideetan. Pobrezia hori amaitu zen, 1759an, Ondategiko beste Juan Saenz de Buruagaren iloba zen Juan Saenz de Buruaga agertu zenean. Haren armarria aldare nagusiaren ondoko hilobi-lauzan agertzen da, baita erretaula nagusiaren atikoan eta tenpluaren kanpoaldean ere. Erretaula nagusia multzo barroko ona da.